Fischer sinh ra tại thị trấn Euskirchen gần Cologne, nước Đức. Ông là con của Julie Poensgen với một doanh nhân tên Laurenz Fischer. Sau khi tốt nghiệp trung học, Fischer muốn theo đuổi ngành khoa học tự nhiên, nhưng cha của ông lại nhất quyết muốn Fischer quay về quản lý doanh nghiệp của gia đình. Sau này, cha của Fischer mới từ bỏ việc làm đó khi nhận thấy con mình không phù hợp với nghiệp kinh doanh.

Năm 1871, Fischer đăng ký học tại Đại học Bonn, nhưng chỉ một năm sau, ông chuyển trường sang Đại học Strasburg. Năm 1874, ông nhận tấm bằng Tiến sỹ sau khi hoàn tất công trình nghiên cứu thuốc nhuộm phthalein dưới sự chỉ dẫn của giáo sư Adolf von Baeyer. Sau khi tốt nghiệp, Fischer nhận được nhà trường giữ lại làm giảng viên môn hóa học.

Sau 8 năm làm việc tại Đại học Strasburg, ông được nhận chức trưởng khoa hóa học lần lượt tại Đại học Erlangen vào năm 1882 và Đại học Würzburg vào năm 1885. Năm 1892, sau khi nhà hóa học August Wilhelm von Hofmann qua đời, Fischer chuyển công tác sang Đại học Berlin để kế nhiệm vị trí của người giáo sư quá cố.

Fischer kết hôn với Agnes Gerlach vào năm 1888. Vợ ông qua đời 7 năm sau đó và để lại ông góa bụa với 3 người con trai. 2 người con út của ông hi sinh khi thực hiện nghĩa vụ quân sự trong Chiến tranh thế giới thứ nhất. Người con trai cả, Hermann, trở thành một nhà hóa học hữu cơ. Fischer qua đời ở Berlin vào ngày 15 tháng 7 năm 1919.